puedes usar Piwik, es opensource y bastante bueno
piwik... se ve muy interesante.
El problema para este tipo de sistema es que si el sitio tiene demasiadas visitas con mucha facilidad saturaría el uso de CPU de tu servidor, si es un servidor compartido hasta te pueden expulsar, cada dato de la estadística (por cada visita), puede llegar a generar de 30 a 50 consultas a tu base de datos, lo que en un sitio con mas de 2000 diarias comenzaría a dar dolores de cabeza.
Lo ideal es usar estadísticas gratuitas hospedadas por terceros... he visto a varios sitios usar:
statcounter.com, pero es gratuito solo hasta las 250,000 impresiones mensuales, luego de eso ya es cobrado. Y el que menciona Alfredo:
addfreestats.com que no se si tiene restricciones.